Scovate nuove proteine della Salmonella.

 

Si sa, la Salmonella è un batterio che può causare un'intossicazione alimentare con diarrea anche acuta: se penetra dall'intestino nel sistema sanguigno, può addirittura portare a sepsi e reazioni infiammatorie potenzialmente letali in tutto l'organismo. Inoltre dal momento che, come osservato in precedenza, i vari tipi di Salmonella stanno diventando sempre più resistenti agli antibiotici, attualmente risulta essere necessario cercare nuovi approcci per combatterli. Ed è proprio in questo ambito che negli ultimi mesi un team internazionale, (formato da ricercatori dell'Institute of Molecular Infection Biology, dell'University of Greifswald, dell'Albert-Ludwigs-University Freiburg, dello Shenzhen Bay Laboratory, della Macquarie University, del Wellcome Trust Sanger Institute e dell'Helmholtz Institute for RNA-based Infection Research), attraverso una rivalutazione bioinformatica del genoma di tale batterio, i cui risultati sono stati pubblicati sulla rivista microLife, è riuscito ad identificare molte piccole proteine finora sconosciute che possono giocare un ruolo cruciale nell'infezione: il numero di piccole proteine della Salmonella al momento conosciute è cresciuto di 139 unità, arrivando così ad oltre 600. In pratica la piccola proteina MgrB, (che consiste di 47 aminoacidi), si è distinta in modo particolare nelle analisi: se il gene contenente il progetto di questa proteina veniva "spento", la Salmonella è, infatti, risultata non essere più capace di infettare le cellule umane. Tra l'altro, sebbene la proteina in questione era già stata studiata in passato, prima di adesso la suddetta importante funzione non era mai stata riconosciuta. In sostanza per ottenere un simile risultato gli scienziati hanno usufruito di un nuovo approccio combinato: a questo scopo sono stati, difatti, utilizzati, (tra le altre cose), tre set di dati che erano stati generati in precedenti analisi di infezione. Al riguardo nell'estratto dell'articolo pubblicato nella sopracitata rivista gli studiosi hanno spiegato: «Le piccole proteine sono una classe emergente di prodotti genici con diversi ruoli nella fisiologia batterica. Tuttavia una piena comprensione della loro importanza è stata ostacolata da insufficienti annotazioni sul genoma e dalla mancanza di una caratterizzazione completa in microbi diversi dall'Escherichia coli. Abbiamo adottato un approccio integrativo per accelerare la scoperta di piccole proteine e delle loro presunte funzioni associate alla virulenza nella Salmonella Typhimurium. Abbiamo fuso il piccolo proteoma annotato della Salmonella con le nuove piccole proteine previste in silico e con approcci sperimentali. Abbiamo poi sfruttato i dataset globali esistenti e di nuova generazione che forniscono informazioni sulla piccola espressione del quadro di lettura aperto durante l'infezione delle cellule epiteliali, (doppio RNA-seq), il contributo alla forma batterica all'interno di macrofagi, (Transposon-directed insertion sequencing), ed il potenziale impegno nelle interazioni molecolari, (Grad-seq). Questo approccio integrativo ha suggerito un nuovo ruolo per la piccola proteina MgrB oltre la sua funzione nota nella regolazione del PhoQ. Abbiamo dimostrato un difetto di virulenza e di motilità di un mutante della Salmonella ΔmgrB ed abbiamo rivelato un effetto di MgrB nel regolare il trascrittoma della Salmonella ed il proteoma in condizioni di infezione rilevanti». Ad ogni modo questo nuovo lavoro ha chiaramente dimostrato che il metodo adoperato può ancora portare alla luce nuovi geni rilevanti anche in organismi già studiati in modo abbastanza approfondito come, appunto, la Salmonella: la comunità scientifica mondiale possiede adesso un elenco prioritario di piccole proteine di questo batterio, (precedentemente sconosciute e legate all'infezione da Salmonella), il quale potrà essere utilizzato per condurre ulteriori studi. A tal proposito nel suddetto estratto i ricercatori hanno proseguito scrivendo: «Il nostro studio evidenzia il potere di interpretare i set di dati "omici" disponibili con un focus sulle piccole proteine, e può servire come modello per un'indagine basata sull'integrazione dei dati di piccole proteine in diversi batteri»; mentre Elisa Venturini, una delle principali autrici della suddetta indagine, ha, infine, affermato: "Speriamo che il nostro approccio fornisca un progetto che possa essere applicato anche ad altri organismi per i quali esistono già dei set di dati".